Am 21. März 1948 wurde in Grafenau, wie in den Vereinsakten vermerkt ist, der "Hauptausschuss" neu gebildet. Als sein Vertreter erschien Justizrat Prager aus Straubing beim Verein und forderte ihn auf, dem in der Entstehung befindlichen Hauptverein beizutreten. Dieser wurde schließlich nach einer Vorbesprechung am 15. Mai 1949 in Plattling am 17. Juni desselben Jahres in Zwiesel wieder gegründet. Sein Sitz war bis auf weiteres Straubing. Zum 1. und zum 2. Vorsitzenden wurden Oberbürgermeister Dr. Höchtl, Straubing, und Dr. Fischer gewählt, 1. und 2. Schriftführer wurden Studienprofessor a.D. Dr. Hans Rohrmayer und Pieps Dengier. Am 14.9.1949 beschloss der Hauptausschuss das Wiedererscheinen der Zeitschrift "Bayerwald" unter der Schriftleitung von Dr. Fischer, Dr. Rohrmayer und Pieps Dengier.
Es war zunächst umstritten, ob der Waldverein Regensburg dem neuen Hauptverein beitreten solle oder nicht. Eduard Zwack und Dr. Heinrich Pemsel, welche die erheblichen Spannungen im Verhältnis zum Hauptverein in den zwanziger Jahren noch in Erinnerung hatten, rieten zur Zurückhaltung. In der Mitgliederversammlung vom 15.2.1949 wurde eine Entscheidung nicht getroffen. Sie gab dem Vorstand indessen Vollmacht zur Regelung des Verhältnisses. Auch in der Sitzung vom 23.6.1949 war sich der Vorstand zunächst nicht schlüssig, ob man sich an der Wiedergründung des Hauptvereins beteiligen sollte oder nicht, entschied sich aber schließlich nach reger Debatte für die Beteiligung, wie es dann auch geschehen ist.
Im Laufe des Jahres 1950 traten starke Spannungen zwischen Dr. Fischer und Dr. Rohrmayer auf. Diesem wurde vorgeworfen, er führe, obwohl nur Schriftführer, maßgeblich die Geschäfte des Hauptvereins, es gebe Hemmungen, Verzögerungen im Geschäftsbetrieb, der 2. Vorsitzende würde ausgeschaltet, Einsicht in den Haushaltsplan werde nicht gegeben, notwendige Sitzungen fänden nicht statt. Ein Vermittlungsversuch von Ludwig Akstaller bei Dr. Höchtl brachte keine Beruhigung. Fischer sprach sich für den Austritt aus dem Hauptverein aus, stieß damit jedoch bei Dr. Pemsel, Akstaller, Dengier und Birnhäupl auf Widerstand. Diese teilten zwar die Bedenken und Vorstellungen Dr. Fischers, hielten auch die Kassenlage des Hauptvereins für unklar, wollten jedoch einen Austritt vermeiden. Merkwürdig und kennzeichnend für die Einstellung der Sektion ist, dass noch am 12. 2.1951 von Dr. Fischer die Ansicht vertreten wurde, die Mitgliedschaft beim Hauptverein sei immer noch in der Schwebe, obwohl inzwischen dort nicht nur mitgearbeitet, sondern auch Beiträge bezahlt worden waren.
In der Folgezeit beruhigte sich das Verhältnis. Es kann als im Ganzen gut bezeichnet werden. Führende Vertreter der Sektion waren bzw. blieben Mitglieder des Hauptausschusses und anderer Ausschüsse des Bayerischen Waldvereins. Um die Renovierung des Arberschutzhauses in den 80er Jahren hat sich Gerhard Sandner besonders verdient gemacht. Dem steht auch nicht entgegen, dass dann und wann (1967 von Dr. Pemsel, 1971 von Ludwig Schwarz, 1977 von Alois Demling) der Austritt aus dem Hauptverein angesprochen wurde, doch ist es nie dazu gekommen.
Mit den Beziehungen und Kontakten des Vereins zu anderen Vereinen und Gruppen war es in der Zeit des "Dritten Reiches" ruhig geworden. Das änderte sich bei der Neugründung 1947 und in den folgenden Jahren. Von den damaligen Vorsitzenden Dr. Fischer und Professor Dr. Dünninger wurden Kontakte gesucht und gefördert. Es waren vor allem gesellige und kulturelle Unternehmungen, mit dem Alpenverein, mit der "Dorflinde Kareth", dem Zitherklub Regensburg, den Heimatvertriebenen, den Schriftstellern. 1950 trat die Sektion dem Fremdenverkehrsverein Regensburg bei. 1954 erwarb sie die Mitgliedschaft bei der Arbeitsgemeinschaft Bayerischer Nordgau. An der Gründung des Regensburger Heimatrings im Jahre 1951 war sie beteiligt. Bemühungen in den Jahren 1950 und 1958, in Falkenstein, in Wörth und in Kelheim Ortsgruppen der Sektion zu bilden, blieben ohne Erfolg.
Seit der 2. Hälfte der 50er Jahre schwächten sich die Verbindungen zu anderen Vereinen immer mehr ab und schließlich blieb ein dauerndes, einigermaßen lebendiges Verhältnis nur noch zum Alpenverein. Gemeinsames Auftreten etwa mit der Botanischen Gesellschaft oder dem Bund Naturschutz im Dienste des Natur- und Landschaftsschutzes oder aus anderen Anlässen, eine Aktion Ende der 50er Jahre ausgenommen, als das Naturschutzgebiet Hölle bedroht war, gab es im Ganzen gesehen - nicht mehr. Die Aktivierung der Beziehungen zum Bund Naturschutz unter Alois Demling blieb auf die Jahre 1974-1976 beschränkt. Andere Organisationen waren in den Vordergrund getreten. Die Mitwirkung des Vereins zum Schutz der Natur fand im Rahmen behördlicher Verfahren statt. Behördlicher Regelung entsprang seine Mitgliedschaft im Regionalen Planungsverband und auch die Mitarbeit im kommunal getragenen Verein für Naherholung im Raum Regensburg seit 1971, ein Verhältnis effektiver Zusammenarbeit. Eine gewisse Betreuung erhielt der Verein in den 80er Jahren vom Regensburger Seniorenbeirat, ein Umstand, der die im Laufe der letzten Jahrzehnte eingetretene Änderung der Altersstruktur seiner Mitglieder und der Ausrichtung des Vereinsbetriebes kennzeichnet. Andererseits besteht auch eine gute Anbindung an das Regensburger Sportamt.
Die Entwicklung der dargelegten Verhältnisse führte immer mehr zu einer Beschränkung auf den eigenen Vereinsbetrieb; der Verein genügte sich im Wesentlichen selbst. Die Markierungsarbeit hatte nach wie vor ihren bedeutenden Platz, vor allem in den Augen der Allgemeinheit. Innerhalb des Vereins waren jedoch nach und nach die gemeinsamen Besichtigungsfahrten und Wanderungen, beide verbunden mit freundlich-anspruchsloser Geselligkeit, in den Vordergrund getreten. Sie hatten ihren großen Wert. Viele Vereinsmitglieder wurden so auf ansprechende, zwanglose Weise mit Objekten heimatlicher Architektur und Kunst bekannt gemacht und zu Kennern der heimischen Landschaft. Zwar war die Vereinsspitze, vor allem der Obmann der Wanderführer Herbert Habereder, ständig um Kontakte zu anderen Sektionen und Zweigvereinen des Bayerischen und Oberpfälzer Waldvereins bemüht. Die Teilnahme an den Wanderungen und Fahrten mit diesen wurde jedoch mehr als Pflichtübung für den eigenen Verein, denn als Bedürfnis nach anderweitiger Geselligkeit empfunden. Das gilt entsprechend auch für die in den 80er Jahren mit der Regensburger Schriftstellergruppe International alljährlich einmal durchgeführten Wanderungen mit Dichterlesungen im Grünen (durchaus auch bei schlechtem Wetter).
